מתחם התחנה הוא בראש ובראשונה אתר בעל חשיבות היסטורית. מבני התחנה עברו שימור תוך הקפדה יתרה שתכלול את מרכיבי החומר, הצורה והמתקנים הנלווים לו, כגון קרונות ומסילות, בהתאם להנחיות השימור של משרד הפנים, ועל-פי כל עקרונות השימור המקובלים. השימור משחזר בדייקנות את תפארת המבנים והתקופה.
מבנה תחנת הרכבת תוכנן על-פי אב-טיפוס של תחנות הרכבת שנבנו ע”י השלטון העות’מאני באותה תקופה. התחנה נבנתה על-פי תכנית אופיינית של מבנה אבן מסורתי בסגנון בניה משולב, הן מבחינת השפה הסגנונית / אדריכלית והן מבחינת טכניקת בניה. השימור והשיקום של המתחם מאפשר למבנים לדבר בעד עצמם ולספר, ללא מילים, בדרך חוויתית ומרגשת, את סיפור המקום, מה שהופך את התחנה לא רק לתחנה סופית אלא לתחנת יציאה מרכזית לטיולים בירושלים באזור העיר העתיקה, ימין משה, המושבה הגרמנית ואזורים מרכזיים אחרים בעיר.